En Julio de 1999 el Gobierno Estatal expide dos acuerdos, en donde se declara de utilidad pública lo siguiente:

Las Campañas Zoosanitarias, designando al Comité como la entidad encargada de vigilar y supervisar la aplicación de las Campañas, así como la aplicación en territorio del estado del Sistema para el Control Sanitario en la Movilización de Animales Productos y Subproductos Agropecuarios en el Estado de Puebla.

El 12 de junio de 2002 el gobierno federal por medio de la Ley Federal de Sanidad Animal, define a los Comités Estatales de Fomento y Protección Pecuaria del país como Organismos Auxiliares de la Secretaria de Agricultura, Ganadería, Desarrollo Rural, Pesca y Alimentación (SAGARPA) dando origen a la creación de Fomento y Salud Animal del Estado de Puebla, A.C.